Je passe directement à la partie qui nous intéresse, pour tout ce qui concerne l'installation, configuration et authentification, le web regorge de tutoriels la dessus. Première chose, dans le fichier /etc/fail2ban/jail.conf ajoutez à la fin par exemple, ceci : 
[pure-ftpd]
enabled = true
port = ftp,ftp-data,ftps,ftps-data
filter = pure-ftpd
logpath = /var/log/pure-ftpd/pure-ftpd.log
maxretry = 3
la ligne logpath est à adapter à votre configuration. Pour la suite, la regex utilisé est construite sur l'idée que pure-ftpd loggue les ip et non les informations obtenues par reverse dns.
Dans le fichier /etc/fail2ban/filter.d/pure-ftpd.conf remplacez la ligne 
failregex = pure-ftpd(?:\[\d+\])?: (.+?@) \[WARNING\] %(__errmsg)s \[.+\]$
par celle-ci : 
failregex = .*pure-ftpd: \(.*@\) \[WARNING\] Authentication failed for user.*
Redémarrez votre cerber, désormais, les indésirables devraient être banni à la troisième tentative infructueuse.